Séquençage de plasmide

Séquençage complet de plasmides

En utilisant une méthode de séquençage de troisième génération (Oxford Nanopore Technologies (ONT)), notre service permet un séquençage de haute qualité de l’entièreté de vos plasmides.

Comment ça fonctionne

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Créez un compte

Inscrivez-vous sur notre portail de séquençage de plasmides. Vous recevrez un courriel de confirmation de noreply.rnomics@gmail.com (vérifiez vos pourriels au besoin).

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Activation du compte

Une fois votre compte approuvé, vous recevrez un courriel de confirmation et pourrez commencer à soumettre vos échantillons.

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Soumettez vos échantillons

Les échantillons sont séquencés lors de notre prochain passage (chaque lundi et jeudi).

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Accédez à vos résultats en ligne

Vous recevrez une notification par courriel dès que vos résultats de séquençage seront disponibles sur le portail.

Ce service s’adresse à vous si :

Vous avez un long insert à séquençer (qui nécessite plusieurs réactions de séquençage de type Sanger).
Vous possédez ou avez reçu un plasmide dont vous ne connaissez pas la séquence.
Vous voulez vérifier qu’un plasmide que vous utilisez depuis longtemps ne possède pas de mutation inattendue dans son squelette.

Ce service n’est pas adapté si :

Vous êtes intéressé par un petit insert (<500 pb).
Vous avez plusieurs amplicons dans vos échantillons (qu’ils soient complètement différents ou qu’il s’agisse de deux allèles d’un génome, p. ex. pour le CRISPR).

Horaire

Nous effectuons des séquençages chaque lundi et jeudi. Les échantillons doivent absolument être reçus le lundi ou le jeudi avant 9 h (tant la soumission sur le portail que les tubes physiques) pour être inclus dans le séquençage de cette journée, sinon ils seront inclus dans le prochain passage. Contactez-nous si vous avez des questions sur l’horaire.

Ne nécessite pas d’amorces spécifiques.
Permet la détection d’espèces aberrantes dans votre préparation de plasmide (dimères, trimères, etc.).
Vous donne à tous les coups la séquence du squelette de votre plasmide.
Aucune région de mauvaise qualité (contrairement au séquençage Sanger), bien que les longues séquences d’homopolymères puissent être moins précises.

Notre service vous donne également une carte annotée de votre plasmide (grâce au puissant outil pLannotate).

20 μL de plasmide à 40 ng/μL. Le plasmide doit avoir été purifié sur colonne avec un kit commercial.
Une soumission complétée sur notre portail Web.
La séquence de référence (facultatif).

Une séquence consensus (.fasta).
Un fichier de statistiques pour chaque base de la séquence consensus (.xlsx).
Un rapport Web de type chromatogramme pour la séquence consensus (.html).
Deux graphiques de qualité (.png).
Une carte annotée visualisable dans un navigateur (.html) ou avec SnapGene (.gbk).
Un alignement avec votre séquence de référence (.aln), si fournie.

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