ASPCR

L'analyse de l'épissage alternatif par RT-PCR en point final, ou ASPCR, comprend la quantification relative des isoformes alternatifs provenant d'une réaction RT-PCR. L'événement d'épissage est ainsi quantifié sur électrophorèse capillaire par le ratio de l'isoforme long (inclusion) contre la somme des isoformes court (exclusion) et long. Ce ratio est nommé PSI pour index d'épissage (percent splicing index en anglais). Les données PSI sont présentées sous forme de graphiques à barres, heatmaps, et feuilles de données.

  • Système d'électrophorèse capillaire Perkin Elmer LabChip GX Touch HT (trois unités).
  • Détection et quantification optimales pour des amplicons de 80 à 650 pb avec séparation de taille d'au moins 15%.
  • Débit quotidien de 2500 réactions.

Applications

  • Analyse d'événements d'épissage alternatif provenat d'une sélection ou d'une liste de gènes.
  • Validation de données RNA-Seq par RT-PCR.
  • Typage moléculaire de souches bactériennes par ribotypage et répétition en tandem polymorphe à plusieurs locus (MLVA).